La gestión de inventarios eficiente y confiable sigue siendo un desafío en los almacenes modernos, donde el conteo manual consume tiempo, es propenso a errores y costoso. Presentamos un sistema autónomo aéreo-terrestre para la captura de datos de inventario en almacenes que opera sin infraestructura externa ni operaciones de mapeo previas. Un vehículo terrestre no tripulado (UGV) realiza la localización global y la navegación a partir de un simple plano de planta 2D mediante la coincidencia de escaneo LiDAR 2D con mapa fusionada en un Filtro de Kalman Extendido. Un vehículo aéreo no tripulado (UAV) utiliza localización relativa basada en fiduciales para ejecutar despegues cortos, seguimiento, aterrizajes de precisión y captura de imágenes de cerca de estantes altos de manera autónoma. Al transportar el UAV entre los pasillos, el UGV extiende la resistencia y cobertura efectivas del UAV, limitando el vuelo a segmentos breves y de alto valor. Validamos el sistema en simulaciones y entornos reales. En simulaciones, el método de localización propuesto logra una mayor precisión y consistencia que AMCL, GMapping y KartoSLAM en diferentes distribuciones. En experimentos, el UAV sigue y aterriza de manera confiable sobre el UGV, produciendo imágenes geo-referenciadas de estantes altos adecuadas para el reconocimiento de inventarios posterior.