El pez escat manchado puede tolerar una amplia gama de fluctuaciones en la salinidad. Es un buen modelo para estudiar la adaptación ambiental a la salinidad. El metabolismo de lípidos juega un papel importante en la adaptación a la salinidad en los peces. Para elucidar el mecanismo del metabolismo de lípidos en la osmorregulación, se analizó el transcriptoma hepático después de 22 días de cultivo con una salinidad de 5 ppt (grupo de baja salinidad: LS), 25 ppt (grupo de control: Ctrl) y 35 ppt (grupo de alta salinidad: HS) utilizando secuenciación de ARN (RNA-seq) en el pez escat manchado. El análisis de RNA-seq mostró que se identificaron 1276 y 2768 genes expresados diferencialmente (DEGs) en LS vs. Ctrl y HS vs. Ctrl, respectivamente. El análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) mostró que las vías de biosíntesis de hormonas esteroides, biosíntesis de esteroides, metabolismo de glicerofosfolípidos, metabolismo de glicerolípidos y metabolismo de lípidos estaban significativamente enriquecidas en LS vs. Ctrl. Los genes de biosíntesis de esteroides, biosíntesis de hormonas esteroides y metabolismo de glicerofosfolípidos se regulaban significativamente a la baja en LS vs. Ctrl. Las vías relacionadas con los metabolismos de lípidos, como el metabolismo de ácidos grasos, biosíntesis de ácidos grasos, vía de señalización del receptor activado por proliferadores de peroxisomas (PPAR), vía de señalización de adipocitoquinas, degradación de ácidos grasos y biosíntesis de ácidos grasos insaturados, estaban significativamente enriquecidas en HS vs. Ctrl. Los genes de biosíntesis de ácidos grasos insaturados y la vía de señalización de adipocitoquinas se regulaban significativamente al alza en HS vs. Ctrl. Estos resultados sugieren que la diferencia en el metabolismo de lípidos hepáticos es importante para adaptarse al estrés de baja y alta salinidad en el pez escat manchado, lo que aclara los mecanismos regulatorios moleculares de la adaptación a la salinidad en peces eurihalinos.