La contaminación de los ríos por microorganismos, o por otra fuente química, representa una amenaza grave tanto para el medio ambiente como para la salud pública. Tomar acciones inmediatas y apropiadas es esencial para mitigar la contaminación y prevenir su propagación. Por lo tanto, el monitoreo regular de estos agentes contaminantes es fundamental para actuar a tiempo y controlar su extensión. Sin embargo, hay una falta de compromiso con esta preocupación emergente y las acciones respectivas en todo el mundo. Este trabajo tiene como objetivo estudiar la contaminación de un río portugués (río Tinto) en la ciudad de Oporto (una zona urbana altamente poblada) en relación con los microorganismos aeróbicos totales, coliformes y (como unidades formadoras de colonias (UFC) utilizando medios de cultivo sólidos específicos) y la materia orgánica total (MOT). Se consideraron diferentes ubicaciones a lo largo del curso del río Tinto (es decir, 14 ubicaciones dentro de 11 km) y se recolectaron muestras en distintos días a lo largo de septiembre de 2022. Los resultados generales mostraron contaminación microbiana de microorganismos aeróbicos (hasta 2 x 10 UFC/100 mL), coliformes totales (hasta 7 x 10 UFC/100 mL), (hasta 9 x 10 UFC/100 mL) y (hasta 8 x 10 UFC/100 mL). Los resultados también superaron los valores máximos recomendados (VMRs) descritos en el decreto-ley portugués n.º 236/98 para aguas de riego. Además, se encontró MOT en un rango de 4.54 mg/L a 57.2 mg/L. Este trabajo destaca la peligrosa contaminación microbiana y la mayor cantidad de materia orgánica de lo que se esperaría para un recurso de agua superficial.