Las iglesias rupestres son espacios obtenidos de la excavación de rocas blandas que se encuentran frecuentemente en muchos países mediterráneos. En el presente artículo se estudia la iglesia dedicada a los santos Andrés y Procópio, ubicada cerca de la ciudad de Monopoli en Apulia (Italia). Se realizaron medidas acústicas en el lugar, obteniendo una descripción detallada de la acústica en el estado actual, señalando, gracias a una combinación de técnicas de análisis, la presencia de un comportamiento modal significativo en las bajas frecuencias, lo que provoca que el tiempo de reverberación sea de aproximadamente 2 s, cuatro veces más largo que en las otras bandas, además de ser fuertemente dependiente de la posición de la fuente y del receptor (con variaciones de aproximadamente 1 s cuando la fuente se mueve fuera del presbiterio). Sin embargo, dado que la iglesia se caracteriza por una degradación significativa de las superficies y grandes cantidades de escombros cubren el suelo, se puede esperar que las condiciones acústicas originales difieran algo. La modelización acústica puede ser muy útil para comprender las condiciones originales, pero dado el pequeño tamaño del espacio, no se pueden aplicar métodos convencionales de predicción acústica geométrica para simular el comportamiento en bajas frecuencias. Así, el presente artículo propone una aplicación de la computación en el dominio del tiempo por diferencias finitas (FDTD) para simular el comportamiento en bajas frecuencias y analizar una posible reconstrucción del estado original. Los resultados mostraron que se obtuvo un muy buen acuerdo entre las predicciones y las mediciones, tanto en términos de frecuencias de resonancia como de tiempos de reverberación que diferían en menos del 5%. La respuesta modal afectó fuertemente las condiciones acústicas también en la reconstrucción hipotética del estado original, aunque el campo sonoro demostró ser más uniforme que en el estado actual.