El género Tourn. ex L. (Ephedraceae) aún presenta una complejidad taxonómica que no se ha resuelto. Este estudio tuvo como objetivo determinar la identidad taxonómica de las especies en Egipto e identificar el perfil de ácidos grasos y su diversidad a nivel de género como herramienta taxonómica para los especímenes que carecen de conos reproductivos. El estudio actual proporciona un enfoque pionero que distingue especies a nivel de género. Se recolectaron un total de 120 individuos frescos de 20 ubicaciones que representan diferentes hábitats donde crecen plantas en Egipto. Además, se depositaron especímenes de herbario en herbarios egipcios. Las características morfológicas estudiadas incluyeron 30 características vegetativas y 72 rasgos de los órganos reproductivos de ambos géneros. El contenido de ácidos grasos se midió utilizando cromatografía de gases-masas (GC-Mass). La revisión taxonómica reveló que el género estaba representado en la flora egipcia por cinco especies, en la sección Alatae y en la sección . El Sinaí del Sur alberga estas cinco especies y representa el centro de diversidad para este género en Egipto. Las características vegetativas fueron sometidas a un análisis de componentes principales (PCA), que reveló una separación distinta de las cinco especies estudiadas. De manera similar, los rasgos de los conos tratados mediante agrupamiento jerárquico revelaron variaciones intra-género. Se desarrolló una clave taxonómica basada en los rasgos morfológicos para distinguir las especies estudiadas a nivel de género. En total, se identificaron 51 ácidos grasos de las especies estudiadas y se agruparon como 18 saturados, 16 monoinsaturados y 17 ácidos grasos poliinsaturados. En ausencia de conos reproductivos, el contenido lipídico y la composición de ácidos grasos de las partes vegetativas mostraron variaciones inter-específicas e intra-género significativas. Por lo tanto, los ácidos grasos pueden utilizarse para identificar de manera eficiente las especies estudiadas cuando carecen de conos reproductivos. Este estudio demostró la eficacia de un enfoque multidisciplinario para identificar especies a nivel de género y recomienda esta tendencia para futuros estudios de este género.