Las plantas seleccionan microorganismos del suelo circundante, que actúan como un reservorio de diversidad microbiana y enriquecen un microbioma de rizosfera que ayuda en el crecimiento y la mitigación del estrés. Las plantas utilizan compuestos orgánicos que se liberan a través de exudados radiculares para moldear el microbioma de la rizosfera. Estos compuestos orgánicos son de varios espectros y técnicamente impulsan la interacción entre las plantas y el mundo microbiano. Aunque las plantas producen naturalmente compuestos orgánicos que influyen en el mundo microbiano, se han realizado numerosos esfuerzos para aumentar la eficiencia del microbioma mediante la adición de compuestos orgánicos. A pesar de investigaciones cruciales adicionales, se han reportado efectos sinérgicos de combinaciones de compuestos orgánicos y bacterias beneficiosas. En esta revisión, examinamos la relación entre compuestos orgánicos y bacterias beneficiosas en la determinación del crecimiento de las plantas y la mitigación del estrés biótico y abiótico. Investigamos el mecanismo molecular y las respuestas bioquímicas de las bacterias a los compuestos orgánicos, y discutimos las modificaciones en el crecimiento de las plantas y la mitigación del estrés realizadas con la ayuda de bacterias beneficiosas. Luego exhibimos los efectos sinérgicos de ambos componentes para resaltar las direcciones futuras de investigación sobre cómo la ingeniería microbiana y los enfoques metagenómicos podrían ser utilizados para mejorar el uso de microbios beneficiosos y compuestos orgánicos.