Propósito: Resumir la evidencia sobre los efectos agudos y crónicos del entrenamiento por intervalos (IT) en el sistema inmunológico a través de una revisión sistemática con meta-análisis. Diseño: Revisión sistemática con meta-análisis. Fuente de datos: Búsqueda en inglés, portugués y español en las bases de datos electrónicas Pubmed/Medline, Scopus y SciELO. Criterios de elegibilidad: Estudios como ensayos clínicos, ensayos cruzados aleatorizados y ensayos clínicos aleatorizados, que investigan los efectos agudos y crónicos del IT en los resultados inmunológicos en humanos. Resultados: De los 175 estudios recuperados, 35 fueron incluidos en el análisis cualitativo y 18 en un meta-análisis. El análisis dentro del grupo detectó una disminución aguda significativa después del IT en la tasa de secreción de inmunoglobulina A (IgA) (n = 115; MD = -15.46 ug·min; IC 95%, -28.3 a 2.66; p = 0.02), aumento del recuento total de leucocitos (n = 137; MD = 2.58 x 10 uL; IC 95%, 1.79 a 3.38; p < 0.001), aumento en el recuento de linfocitos inmediatamente después del ejercicio (n = 125; MD = 1.3 x 10 uL; IC 95%, 0.86 a 1.75; p < 0.001), y disminución durante la recuperación (30 a 180 min post-ejercicio) (n = 125; MD = -0.36 x 10 uL; IC 95%, -0.57 a -0.15; p < 0.001). No se detectó efecto en la IgA absoluta (n = 127; MD = 47.5 ug·mL; IC 95%, -10.6 a 105.6; p = 0.11). En general, el IT podría reducir agudamente la función de los leucocitos. En cuanto a los efectos crónicos, el IT mejoró la función inmunológica sin cambiar el recuento de leucocitos. Conclusión: El IT podría proporcionar una perturbación transitoria en el sistema inmunológico, seguida de una reducción de la función inmunológica. Sin embargo, la realización regular de IT induce adaptaciones favorables en la función inmunológica.