El tracto gastrointestinal (TGI) promueve la digestión y absorción de los alimentos, además de la excreción de productos de desecho de la digestión. En los peces, el TGI se divide en cuatro regiones: la cabeza, el esófago, el intestino del medio y el intestino posterior, a las que se asocian glándulas y tejidos linfoides para liberar enzimas digestivas y moléculas involucradas en la respuesta inmune y el control de patógenos. El TGI está habitado por diferentes especies de microorganismos residentes, la microbiota, que han coevolucionado con el hospedador en una relación simbiótica y son responsables de beneficios metabólicos y de contrarrestar infecciones por patógenos. Existe una conexión estricta entre la microbiota intestinal de un pez y su estado de salud. Esta revisión se centra en la modulación de la microbiota de los peces mediante aditivos alimentarios basados en prebióticos y probióticos como una estrategia viable para mejorar el estado de salud de los peces y la eficiencia intestinal, mitigar enfermedades emergentes y maximizar el rendimiento en la cría y el crecimiento. Además, se discute el uso de ensayos histológicos como una herramienta válida para la evaluación del bienestar de los peces, y se proporcionan perspectivas sobre la capacidad de absorción de nutrientes y la respuesta a patógenos en los peces a través de puntos finales morfológicos del intestino. En general, la literatura revisada enfatiza las complejas interacciones entre microorganismos y peces hospedadores, arrojando luz sobre el uso beneficioso de prebióticos y probióticos en el sector de la acuicultura, con el potencial de proporcionar direcciones para futuras investigaciones.