Las variaciones en el número de copias (CNVs), como una variante estructural importante en los genomas, están ampliamente presentes en las plantas, afectando su fenotipo y adaptabilidad. En los últimos años, la investigación sobre CNVs no solo se ha centrado en los cambios en el número de copias de genes, sino que también se ha vinculado a mecanismos complejos como los reordenamientos genómicos, la actividad de transposones y la adaptación ambiental. El avance en las tecnologías de secuenciación ha hecho que la detección y el análisis de CNVs sean más eficientes, revelando no solo sus roles cruciales en la resistencia a enfermedades de las plantas, la adaptabilidad y el desarrollo del crecimiento, sino también demostrando un amplio potencial de aplicación en la mejora de cultivos, particularmente en la cría selectiva y la selección genómica. Al estudiar los cambios en los CNVs durante el proceso de domesticación, los investigadores han reconocido gradualmente el importante papel de los CNVs en la domesticación y evolución de las plantas. Este artículo revisa los mecanismos de formación de CNVs en plantas, los métodos para su detección, su relación con las características de las plantas y sus aplicaciones en la mejora de cultivos. Se enfatizan las direcciones futuras de investigación que involucran la integración de multi-ómicas para proporcionar nuevas perspectivas sobre la estructura y función de los genomas de las plantas.