La temperatura del agua, como un factor ambiental importante, afecta el crecimiento y el metabolismo de los animales acuáticos e incluso su supervivencia. El camarón de agua dulce gigante (GFP) es una especie de agua cálida, y su temperatura de supervivencia varía entre 18 grados C y 34 grados C. En este estudio, realizamos análisis transcriptómicos y metabolómicos para aclarar el posible mecanismo molecular de respuesta al estrés por bajas temperaturas en el GFP adulto. Los tratamientos con estrés por bajas temperaturas mostraron que la temperatura letal más baja del GFP era de 12.3 grados C. Los análisis de enriquecimiento de KEGG revelaron que los genes y metabolitos expresados diferencialmente estaban enriquecidos en las vías de metabolismo de lípidos y energía. Algunos genes clave, así como el contenido de los metabolitos ácido dodecanoico y ácido alfa-linolénico, se alteraron bajo estrés por bajas temperaturas. Es importante destacar que los niveles de ácidos grasos insaturados disminuyeron en el grupo LS (grupo sensible a bajas temperaturas) frente al grupo Con (grupo de control). En el grupo LT (grupo tolerante a bajas temperaturas) frente al grupo Con, los genes relacionados con la síntesis y degradación de ácidos grasos se regularon al alza para hacer frente al estrés por bajas temperaturas. Esto sugiere que los genes y metabolitos asociados con el metabolismo de lípidos y el metabolismo de energía juegan roles vitales en la respuesta al estrés por bajas temperaturas. Este estudio proporcionó una base molecular para la selección de una cepa tolerante a bajas temperaturas.