El arroz de montaña Shanlan (L.) es una variedad única de arroz de montaña cultivada por la nacionalidad Li durante mucho tiempo, que tiene buena resistencia a la sequía y un alto valor de utilización en la cría de resistencia a la sequía. Para explorar el origen del arroz de montaña Shanlan y su relación genética con el arroz de montaña de otras fuentes geográficas, se utilizaron 214 cultivares de arroz de montaña de Asia sudeste y cinco provincias (regiones) del sur de China para estudiar la diversidad genética mediante marcadores SSR. Se seleccionaron doce iniciadores SSR y se detectaron 164 alelos (Na), siendo el número mínimo de alelos 8 y el número máximo de alelos 23, con un promedio de 13.667. El análisis de diversidad genética y el análisis de varianza molecular (AMOVA) mostraron que las diferencias entre los materiales provenían principalmente de los individuos de arroz de montaña. Los resultados del flujo genético y la diferenciación genética revelaron la relación entre las poblaciones de arroz de montaña, y se presume que el arroz de montaña Shanlan de Hainan se originó del arroz de montaña en la provincia de Guangdong, y algunos de ellos se diferenciaron genéticamente del arroz de montaña de Hunan. Se puede probar indirectamente que la nacionalidad Li en Hainan es descendiente del antiguo grupo étnico Baiyue, lo que proporciona evidencia circunstancial para la historia de migración de la nacionalidad Li en Hainan, y también proporciona datos básicos para la protección avanzada del arroz de montaña Shanlan y la utilización innovadora de los recursos de germoplasma.