La poda de raíces puede promover el trasplante de plantas jóvenes verdes, pero el impacto general de la poda en el crecimiento, la morfología y las funciones fisiológicas de las raíces sigue siendo incierto. Este estudio integró transcriptómica y análisis fisiológicos para elucidar los efectos de la poda de raíces en el crecimiento del arándano. La poda adecuada (CT4) promovió significativamente el crecimiento de las plantas, con una biomasa aérea y una biomasa foliar que aumentaron significativamente en comparación con el grupo de control en 42 días. La fotosíntesis disminuyó temporalmente a los 7 días, pero se recuperó a los 21 y 42 días. El análisis de transcriptómica mostró que la vía de metabolismo de la celulosa se activó rápidamente e influyó en múltiples genes clave en la vía de metabolismo del almidón. Importante, los factores de transcripción asociados con el desarrollo vascular también aumentaron significativamente a los 7, 21 y 42 días después de la poda de raíces, lo que indica su papel en la regulación de la diferenciación vascular. El crecimiento aéreo mejorado se correlacionó positivamente con la expresión de genes relacionados con la fotosíntesis, y el transporte de productos fotosintéticos a través de los tejidos vasculares proporcionó una fuente de carbono para el desarrollo de las raíces. Así, el desarrollo de las raíces está estrechamente relacionado con la fotosíntesis foliar, y los cambios en la expresión génica asociados con el desarrollo del tejido vascular influyen directamente en el desarrollo de las raíces, asegurando en última instancia un crecimiento coordinado entre las partes aéreas y subterráneas. Estos hallazgos proporcionan una base teórica para optimizar las estrategias de poda de raíces para mejorar el crecimiento y el rendimiento del arándano.