La materia orgánica del suelo (SOM), los agregados del suelo y los microbios del suelo desempeñan roles clave en la fertilidad del suelo agrícola. En los sistemas de cultivo intercalado, las influencias de la incorporación de paja y la entrada de N en la dinámica de las propiedades fisicoquímicas y microbianas del suelo y sus relaciones aún no están claras. Exploramos los cambios en las propiedades fisicoquímicas y microbianas del suelo con dos manejos de paja, es decir, la incorporación de paja de trigo (SI) y la eliminación de paja (SR), y cuatro tasas de suministro de N para la soja intercalada, es decir, 60 (N60), 30 (N30), 15 (N15) y 0 (N0) kg N ha, en los sistemas de cultivo intercalado en franjas de trigo-maíz-soja. Los resultados mostraron que los contenidos de SOM y sus fracciones, la estabilidad de los macroagregados del suelo y la diversidad alfa microbiana y fúngica, por ejemplo, los índices de Chao1 y Shannon, aumentaron a través de la incorporación de paja y la entrada de N. La diversidad alfa estuvo significativamente correlacionada positivamente con las características fisicoquímicas del suelo. En comparación con SR, la abundancia relativa de en SI aumentó, pero la abundancia relativa de , , y en SI disminuyó. En el tratamiento SI, las características fisicoquímicas del suelo y la diversidad microbiana mejoraron a través de la entrada de N, pero esa diferencia no fue significativa entre N60 y N30. En conclusión, SI+N30 fue la forma más efectiva de mantener la fertilidad del suelo y reducir la entrada de fertilizantes de N en el cultivo intercalado en franjas de trigo-maíz-soja.