La estructura y el funcionamiento de la red trófica del Área Marina Francisco Coloane en el Estrecho de Magallanes, Chile, fueron cuantificados, con énfasis en identificar el papel ecológico de la langosta de río y del sprat fueguino. Se estimaron indicadores de la red trófica, el nivel trófico y los índices de centralidad utilizando Ecopath con Ecosim. Se llevaron a cabo simulaciones dinámicas para evaluar los impactos en el ecosistema de los cambios en la biomasa de la langosta de río y del sprat fueguino. El modelo calculó una biomasa total del ecosistema de 71.7 t/km y una producción primaria total de 2450.9 t/km/año. La langosta de río y el sprat fueguino se ubicaron en niveles tróficos específicos de 2.3 y 2.7, respectivamente. La reducción de la langosta de río produjo una disminución en la biomasa de bacalao rojo (42-56%) y ballenas jorobadas (25-28%) y la reducción del sprat fueguino una disminución en los pingüinos (15-37%) y aves marinas (11-34%). El Área Francisco Coloane es un ecosistema inmaduro con valores de productividad y flujos de energía dentro de los reportados para ecosistemas productivos; el papel de la langosta de río parece estar relacionado con la estructura de la red trófica, y el papel del sprat fueguino parece estar relacionado con el funcionamiento del ecosistema y con la transferencia de energía a los depredadores tope.