En la señalización de hormonas vegetales, las redes regulatorias de factores de transcripción (TFRNs), que vinculan los factores de transcripción maestros con los procesos biológicos bajo su control, siguen siendo insuficientemente caracterizadas a pesar de su función crucial. Aquí, identificamos una TFRN involucrada en la respuesta a la hormona vegetal clave auxina y definimos su impacto en los procesos biológicos impulsados por auxina. Para reconstruir la TFRN, desarrollamos un procedimiento de tres pasos, que se basa en el análisis integrado de listas de genes expresados diferencialmente y una colección representativa de perfiles de unión de factores de transcripción. Su implementación está disponible como parte del servidor web CisCross. Con el nuevo método, distinguimos dos subredes de factores de transcripción. La primera opera antes del tratamiento con auxina y se apaga al aplicar la hormona, la segunda se activa por la hormona. Además, caracterizamos el funcionamiento de la TFRN regulada por auxina en el control de la biosíntesis de clorofila y lignina, la señalización del ácido abscísico y la biogénesis de ribosomas.