La pudrición de espigas por Fusarium (FHB) es una de las enfermedades más devastadoras en el trigo. Además de su impacto negativo en el rendimiento del grano, la FHB también influye negativamente en la calidad. Se analizaron los cambios en el contenido de azúcares y aminoácidos libres en la harina de granos infectados y no infectados de seis variedades de trigo que difieren en resistencia. Las concentraciones de azúcares y aminoácidos libres se determinaron utilizando un dispositivo de cromatografía líquida de alta resolución. En la harina de granos infectados por FHB, la cantidad total promedio de fructosa, glucosa, maltosa, azúcares totales y azúcares reductores totales se incrementó significativamente, en comparación con la harina no tratada de la variedad Tika Taka, que fue la más susceptible a la FHB. El contenido total de aminoácidos libres en la harina de variedades infectadas por FHB aumentó en proporción a su susceptibilidad. En Tika Taka, hubo un aumento significativo en el contenido de aminoácidos libres de aproximadamente el 46%, mientras que se observó una disminución significativa del 16% en la variedad Vulkan, que es altamente resistente. Se estableció una correlación altamente significativa entre el grado de susceptibilidad a la FHB y el contenido de ácido aspártico, ácido glutámico, glutamina e histidina, glicina, alanina, metionina, valina, triptófano, fenilalanina, leucina y treonina. La mayoría de los aminoácidos tuvieron fuertes correlaciones positivas entre sí, pero entre los azúcares, solo el contenido de fructosa y glucosa mostró una fuerte correlación positiva con aminoácidos específicos que fueron inducidos por la infección. En general, se puede concluir que las variedades susceptibles a la FHB tienen un alto riesgo de infección por FHB, lo que resulta en la hidrólisis de la sacarosa en fructosa y glucosa, junto con un aumento en los aminoácidos libres, lo que deteriora la calidad del trigo.