Los animales herbívoros dependen de sistemas gastrointestinales complejos y comunidades microbianas para digerir de manera eficiente dietas a base de plantas, extraer nutrientes y mantener la salud. Los recientes avances en tecnologías metagenómicas han permitido un análisis de alta resolución, independiente de cultivos, de la composición de la microbiota intestinal, el potencial funcional y las interacciones huésped-microbio, proporcionando información sobre la diversidad microbiana a lo largo del tracto digestivo de los herbívoros. Esta revisión resume hallazgos clave sobre la microbiota gastrointestinal de los herbívoros, centrándose en la fermentación del foregut de los rumiantes y del hindgut de los no rumiantes. Los rumiantes como el ganado, las ovejas y las cabras albergan microbiota enriquecida con microbios fibroilíticos y metanogénicos que facilitan la degradación de la fibra y la producción de ácidos grasos volátiles, contribuyendo significativamente al equilibrio energético. En contraste, los no rumiantes como los caballos y los conejos dependen de la fermentación del hindgut, con taxones microbianos distintos que contribuyen a la descomposición de carbohidratos y proteínas. La revisión explora además cómo ciertos taxones microbianos, incluyendo , , y , se correlacionan con una mejor eficiencia alimentaria y rendimiento de crecimiento, particularmente en rumiantes. Además, se discuten los roles de los probióticos, prebióticos y simbióticos en la modulación de la composición microbiana intestinal y en la mejora de la productividad. A pesar de los avances significativos, persisten desafíos en el muestreo microbiano, la anotación funcional y la comprensión de la integración de la microbiota con la fisiología del huésped. La revisión enfatiza el potencial de los conocimientos metagenómicos para optimizar la microbiota intestinal de los herbívoros y mejorar la eficiencia alimentaria, la salud y la producción ganadera sostenible.