Esta revisión tuvo como objetivo aclarar los mecanismos a través de los cuales las enzimas exógenas (carbohidrasas y fitasa) influyen en la salud intestinal, así como sus efectos sobre los nutrientes y la matriz energética en las dietas alimentadas a aves de corral y cerdos criados en condiciones sanitarias desafiantes. La suplementación con enzimas puede afectar positivamente la microbiota intestinal, el sistema inmunológico y mejorar el estado antioxidante. Aunque se ha demostrado que las enzimas ahorran energía y nutrientes, sus respuestas en condiciones sanitarias desafiantes están poco documentadas. La activación del sistema inmunológico altera la partición de nutrientes, lo que puede afectar los valores de matriz para las enzimas exógenas en granjas comerciales. Notablemente, la suplementación con carbohidrasas y fitasa en condiciones sanitarias desafiantes se alinea con las matrices de valorización energética y nutricional. Los estudios realizados en condiciones comerciales han demostrado que las matrices que contienen carbohidrasas y fitasa pueden mantener el rendimiento de crecimiento y la salud en aves de corral y cerdos. Sin embargo, estos estudios se han centrado predominantemente en evaluar un solo nivel de reducción en energía y/o fósforo disponible y calcio total, limitando nuestra capacidad para cuantificar los posibles ahorros de energía y nutrientes en la dieta. La investigación futura debería profundizar en determinar la magnitud de los ahorros de energía y nutrientes y comprender los efectos de la suplementación con enzimas solas o mezcladas para lograr una visión más específica.