El fitoplancton es un grupo polifilético de organismos que responde rápidamente a las condiciones ambientales y proporciona una respuesta confiable a los cambios, lo que lo convierte en un buen indicador ecológico para el monitoreo de la calidad del agua. Sin embargo, un gradiente es casi esencial para una relación confiable entre presión e impacto. En un entorno de bajo gradiente, se requiere ingenio para superar las limitaciones de la relación lineal comúnmente utilizada. Aquí, examinamos los cambios en la biomasa y la biodiversidad funcional analizando conjuntos de datos más grandes (2013-2022) en seis lagos kársticos naturales profundos de Croacia, ecológicamente diversos, con bajos gradientes de nutrientes, utilizando coeficientes de correlación no lineales y análisis multivariantes en 209 muestras. Encontramos que la biomasa de fitoplancton estaba más fuertemente influenciada por nutrientes, salinidad y alcalinidad, mientras que la disponibilidad de luz y el nitrógeno total influían fuertemente en la biodiversidad funcional del fitoplancton. Un análisis adicional de la relación TN:TP reveló que el lago oligotrófico Vransko está limitado por nitrógeno, y los lagos Kozjak y Proe están limitados por fósforo. Esto aclaró aún más la relación del fitoplancton con los nutrientes a pesar del bajo gradiente. El análisis complejo en este estudio proporciona una nueva perspectiva para predecir cambios en la estructura y sucesión del fitoplancton en lagos kársticos profundos para una gestión exitosa bajo la aparente presión antropogénica y el cambio climático.