Las semillas de lino son una de las fuentes vegetales más ricas en ácido linolénico (LIN) y también contienen ácido linoleico (LIO) y ácido oleico (OLE). Las desaturasas de estearoil-ACP (SAD) y las desaturasas de ácidos grasos (FAD) desempeñan papeles clave en la síntesis de ácidos grasos (AG) del lino. Sin embargo, no existe una visión holística de qué genes de las familias y en qué etapas de desarrollo tienen los niveles de expresión más altos en las semillas de lino, así como la influencia del genotipo y las condiciones de crecimiento en los perfiles de expresión de estos genes. Secuenciamos los transcriptomas de semillas de lino a los 3, 7, 14, 21 y 28 días después de la floración (DAF) para diez variedades de lino con diferentes composiciones de AG de aceite cultivadas bajo tres condiciones de temperatura/riego. Se evaluaron los niveles de expresión de 25 genes de las familias , , y . , , , , , , , y tuvieron los niveles de expresión más altos, que cambiaron significativamente durante el desarrollo de la semilla. Estos genes probablemente desempeñan un papel clave en la síntesis de AG en las semillas de lino. Las altas temperaturas y el riego insuficiente adelantaron los niveles máximos de expresión de los genes y a etapas de desarrollo más tempranas, mientras que se observó la tendencia opuesta para las bajas temperaturas y el riego excesivo. Las diferencias en los perfiles de expresión y bajo diferentes condiciones de crecimiento pueden afectar la composición de AG del aceite de linaza. Los codones de parada en el gen, que resultan en un contenido reducido de LIN, disminuyeron el nivel de transcrito. Los resultados obtenidos proporcionan nuevas perspectivas sobre la síntesis del aceite de linaza.