El músculo pectoral es un componente importante del músculo esquelético. La negrura de los músculos pectorales puede afectar directamente el valor económico de los pollos de hueso negro. Aunque los genes asociados con la melanogénesis en mamíferos y aves han sido investigados a fondo, se sabe poco sobre los genes clave involucrados en la hiperpigmentación muscular durante el desarrollo embrionario. Aquí, analizamos los patrones de deposición de melanina en el músculo pectoral de los pollos de hueso negro Yugan y comparamos los genes expresados diferencialmente (DEGs) entre los músculos de Wenchang (pollos no de hueso negro) y los pollos de hueso negro Yugan en los días embrionarios 9, 13, 17 y 21. Se encontró que los pigmentos de melanina se acumulaban gradualmente en las fibras musculares con el tiempo. Usando RNA-seq, se identificaron 40, 97, 169 y 94 genes como DEGs, respectivamente, entre los músculos de los pollos de hueso negro Yugan y los pollos Wenchang en los días embrionarios 9, 13, 17 y 21 (cambio de pliegue >=2.0, tasa de descubrimiento falso (FDR) < 0.05). Trece DEGs, como , , , y , fueron comúnmente identificados entre los puntos de tiempo observados. Estos DEGs estaban principalmente involucrados en la pigmentación, procesos biosintéticos y metabólicos de melanina, y procesos biosintéticos de metabolitos secundarios. El análisis de rutas de los DEGs reveló que estaban principalmente asociados con la melanogénesis y el metabolismo de la tirosina. Además, se utilizó el análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA) para detectar módulos centrales y genes centrales relacionados con la melanogénesis en los músculos de los pollos de hueso negro. Se identificaron un total de 24 módulos. El análisis de correlación indicó que uno de ellos (el módulo naranja) estaba positivamente correlacionado con los rasgos de pigmentación muscular (r > 0.8 y