Las zonas de reproducción son áreas importantes para la supervivencia y reproducción de organismos acuáticos y juegan un papel crucial en el reabastecimiento de los recursos pesqueros. Se analizó la densidad de larvas de peces en el Estuario del Río Perla (PRE) para establecer el Índice de Idoneidad del Hábitat (HSI) basado en factores ambientales marinos. Se analizaron datos de encuestas y datos de teledetección por satélite, incluyendo la temperatura de la superficie del mar, la salinidad de la superficie del mar y la concentración de clorofila a, desde 2014 hasta 2017 durante abril-septiembre. Los resultados mostraron que la precisión del modelo HSI basado en la densidad larval y factores ambientales fue superior al 60%, y la tendencia de distribución del HSI fue consistente con la tendencia de distribución de la densidad larval. Los modelos HSI construidos con los métodos del Modelo de Media Aritmética (AMM), Modelo de Media Geométrica (GMM) y Modelo Mínimo (MINM) pueden predecir mejor la distribución espacio-temporal de las larvas en el PRE. Entre ellos, la precisión del modelo HSI construido por los métodos AMM y GMM fue la más alta en abril (71%) y septiembre (93%); la precisión del modelo HSI construido por el método MINM fue la más alta en junio (70%), julio (84%) y agosto (64%). En general, las áreas con altos valores de HSI se distribuyen principalmente en las aguas costeras del PRE. La distribución espacio-temporal de las larvas en el PRE fue influenciada por el monzón, el escurrimiento del Río Perla, las corrientes costeras de Guangdong y la invasión de agua de mar de alta salinidad del mar exterior.