La cuantificación del nicho trófico de una especie es importante para entender la ecología de la especie y sus interacciones con el ecosistema en el que reside. A pesar de la alta frecuencia de varamientos de la ballena piloto de aleta larga en la costa de Aotearoa Nueva Zelanda, su nicho trófico sigue siendo poco comprendido. Para evaluar el nicho isotópico de en Nueva Zelanda, se investigaron variaciones ontogenéticas (sexo, longitud total del cuerpo, edad, estado de madurez, grupo reproductivo) y espaciotemporales (ubicación del varamiento, evento de varamiento y año de varamiento). Se examinaron isótopos estables de carbono (C) y nitrógeno (N) a partir de muestras de piel de 125 individuos (67 hembras y 58 machos) recolectados en eventos de varamiento masivo en Onetahua Farewell Spit en 2009 (n = 20), 2011 (n = 20), 2014 (n = 27) y 2017 (n = 20) y en Rakiura Stewart Island en 2010 (n = 19) y 2011 (n = 19). Se examinaron variaciones en los valores de S para un subconjunto de 36 individuos. Los modelos aditivos generales revelaron que el evento de varamiento fue el predictor más fuerte para los valores de C y N, mientras que el sexo fue el predictor más fuerte de los valores isotópicos de S. Aunque fueron similares dentro de los años, los valores de C fueron más bajos en 2014 y 2017 en comparación con todos los demás años. Además, los valores de N fueron más altos en Farewell Spit 2017 en comparación con cualquier otro evento de varamiento. Esto sugiere que los individuos varados en Farewell Spit en 2017 pueden haber estado alimentándose a un nivel trófico más alto, o que la línea base de nitrógeno puede haber sido más alta en 2017 que en otros años. Las diferencias espaciotemporales explicaron mejor la variación isotópica en las aguas de Nueva Zelanda que los factores ontogenéticos.