Esta investigación proporciona un análisis exhaustivo de la diversidad genómica y las firmas de selección en el ganado bovino Zaobei, una raza indígena conocida por su adaptación a climas cálidos y húmedos y su calidad superior de carne. Se realizó una resecuenciación del genoma completo en 23 bovinos Zaobei, comparándolos con 46 bovinos Simmental para resaltar las distinciones genéticas. El análisis de la estructura poblacional confirmó la singularidad genética de los bovinos Zaobei. Utilizando métodos como DASDC v1.01, XPEHH y ratio, identificamos 230, 232 y 221 genes a través de DASDC, incluyendo barridos duros, barridos suaves y barridos de enlace, respectivamente. Coincidentemente, se identificaron 109 genes al utilizar los métodos XPEHH y ratio. Juntas, estas análisis revelaron ocho genes de selección positiva, que están vinculados a rasgos críticos como la adaptación al estrés por calor, la fertilidad y la calidad de la carne. Además, los análisis de enriquecimiento funcional mostraron vías relacionadas con la autofagia, la respuesta inmune, el metabolismo energético y el desarrollo muscular. Los conocimientos genómicos integrales obtenidos de este estudio proporcionan información valiosa para los programas de cría destinados a mejorar los rasgos beneficiosos en el ganado Zaobei.