Dongfudou 3 es una variedad de soja muy buscada debido a la ausencia de sabor a frijol. Para apoyar los esfuerzos de cría molecular, realizamos una encuesta genómica utilizando secuenciación de nueva generación. Determinamos el tamaño del genoma, la complejidad y las características de Dongfudou 3. Además, construimos un borrador de genoma a nivel de cromosoma y especulamos sobre la base molecular de la deficiencia de proteínas en GmLOX1, GmLOX2 y GmLOX3. Estos hallazgos preparan el terreno para un análisis genómico de alta calidad utilizando secuenciación de tercera generación. El tamaño estimado del genoma es de aproximadamente 1.07 Gb, con secuencias repetitivas que representan el 72.50%. El genoma es homocigoto y está libre de contaminación microbiana. El borrador del genoma consiste en 916.00 Mb anclados en 20 cromosomas, con anotaciones de 46,446 genes y 77,391 transcritos, logrando una completitud de Benchmarking Single-Copy Orthologue (BUSCO) del 99.5% para la completitud del genoma y del 99.1% para la anotación. Se identificaron deleciones y sustituciones en los tres genes, y también carecen de proteínas activas correspondientes. Nuestro enfoque propuesto, que implica un análisis de -mer después de filtrar las secuencias de ADN organelar, es aplicable a encuestas genómicas de todas las especies de plantas, permitiendo evaluaciones precisas del tamaño y la complejidad. Además, el proceso de construcción de borradores de genoma a nivel de cromosoma utilizando genomas de referencia estrechamente relacionados ofrece un acceso rentable a información valiosa, maximizando la utilización de datos.