Modelar procesos biológicos y redes de regulación genética utilizando enfoques in silico proporciona un marco valioso para entender cómo las diferencias genéticas y alelicas asociadas resultan en rasgos específicos. La tolerancia a la submersión es un rasgo agronómico significativo en el arroz; sin embargo, las interacciones gen-gene vinculadas a este rasgo poligénico siguen siendo en gran medida desconocidas. En este estudio, construimos una red de 57 factores de transcripción involucrados en la germinación de semillas y la elongación del coleóptilo bajo submersión. Las interacciones gen-gene se basaron en los perfiles de coexpresión de los genes y la presencia de sitios de unión de factores de transcripción en la región promotora de los genes objetivo. También incorporamos evidencia experimental publicada, siempre que estuviera disponible, para apoyar las interacciones gen-gene, gen-proteína y proteína-proteína. Los datos de coexpresión se obtuvieron al reanalizar datos de transcriptoma disponibles públicamente del arroz. Notablemente, esta red incluye OSH1, OSH15, OSH71, Sub1B, ERFs, WRKYs, NACs, ZFP36, TCPs, etc., que desempeñan roles regulatorios clave en la germinación de semillas, la elongación del coleóptilo y la respuesta a la submersión, y median la señalización gravitropica regulando OsLAZY1 y/o IL2. La red de factores de transcripción fue biocurada manualmente y enviada a la Plant Reactome Knowledgebase para hacerla accesible públicamente. Esperamos que este trabajo facilite el reanálisis/reutilización de datos OMICs y ayude a la investigación genómica para acelerar la mejora de cultivos.