Actualmente, hay escasa información sobre la biodiversidad y la diversidad funcional de los microbios en el océano Índico oriental (EIO). Aquí, utilizamos una combinación de secuenciación de alto rendimiento de genes 16S rRNA y un enfoque metagenómico para investigar la estructura de la población microbiana y su función metabólica en el EIO ecuatorial. Nuestros resultados muestran que las cianobacterias constituyen la mayoría de la población. Curiosamente, hubo menos contribuciones de los clados SAR11 (Alphaproteobacteria) y SAR86 (Gammaproteobacteria) a las comunidades microbianas que las contribuciones de . Basado en el análisis de genes funcionales, los genes funcionales , , y eran relativamente abundantes entre los genes relevantes. La abundancia de implica su adaptación ecológica típica en el ecosistema local. El potencial metabólico microbiano muestra que, además de la principal vía de fijación de carbono, el ciclo de Calvin, el ciclo rTCA y el ciclo 3-HP/4-HB tienen contribuciones potenciales alternativas de fijación de carbono a los ecosistemas locales. Para el ciclo del nitrógeno, la vía de reducción de nitrato y nitrito asimilatorio es potencialmente la forma crucial de utilización del nitrógeno; inesperadamente, la actividad de fijación de nitrógeno fue relativamente débil. Este estudio amplía nuestro conocimiento sobre los roles de los microbios en el ciclo de energía y recursos en el EIO y proporciona una base para revelar profundos procesos biogeoquímicos impulsados por la comunidad microbiana en el océano.