Tanto la sequía como las inundaciones son desfavorables para los microorganismos del suelo, pero, no obstante, son altamente relevantes para los eventos climáticos extremos que se han pronosticado que aumentarán en el futuro. El cambio del estado del agua en el suelo de sequía a inundación puede ocurrir rápidamente y la actividad microbiana podría ser estimulada o inhibida aún más, pero tenemos un entendimiento insuficiente de los procesos microbianos subyacentes. Aquí, rastreamos los cambios en la abundancia de bacterias y hongos en el suelo y sus estructuras comunitarias, evaluando las comunidades totales (basadas en ADN) y potencialmente activas (basadas en ARN) en respuesta a la inundación abrupta del suelo seco. Además, se midieron las tasas de respiración del suelo y la actividad enzimática después de la inundación. Los resultados mostraron que la comunidad bacteriana fue más receptiva que la comunidad fúngica a la inundación. Las respuestas de la comunidad bacteriana se clasificaron claramente en tres patrones distintos en los que el patrón intermedio mostró un alto agrupamiento filogenético. Un florecimiento transitorio al que pertenece fue detectado a las 8-48 h de la inundación, sugiriendo su importancia potencial en el ensamblaje microbiano y el funcionamiento ecosistémico subsiguiente. Finalmente, la cantidad acumulativa de CO liberado estuvo más estrechamente relacionada que la actividad enzimática con el cambio en la estructura de la comunidad bacteriana después de la inundación. En conclusión, estos hallazgos ampliaron nuestra comprensión de los procesos microbianos subyacentes en el suelo tras cambios abruptos en las condiciones del agua.