Los animales acuáticos a menudo experimentan privación de alimento y estrés por inanición. Se sabe que la microbiota intestinal y el neuropeptido corto F (sNPF) del intestino desempeñan roles esenciales en la restricción dietética. Por lo tanto, investigar las respuestas de la microbiota intestinal y el sNPF puede mejorar nuestra comprensión de las adaptaciones fisiológicas a la privación de alimento y el estrés por inanición. En este estudio, examinamos las alteraciones en la microbiota intestinal de cangrejos de barro juveniles bajo condiciones de privación de alimento e inanición. Los resultados revelan diferencias en la riqueza y diversidad de la microbiota intestinal entre los grupos satisfechos, con medio alimento y de inanición. Además, la composición microbiana se vio afectada por el estrés por inanición, y más de 30 taxones bacterianos mostraron abundancias significativamente diferentes entre las tres condiciones de alimentación. Estos resultados indican que la diversidad y composición de la microbiota intestinal están influenciadas por la restricción dietética, involucrando potencialmente interacciones con el sNPF del intestino. Posteriormente, detectamos la ubicación del sNPF en los cerebros y los intestinos de los cangrejos de barro a través de inmunofluorescencia e investigamos el perfil de expresión del sNPF bajo diferentes condiciones de alimentación. Los resultados sugieren que el sNPF se localiza tanto en los cerebros como en los intestinos de los cangrejos de barro y muestra niveles de expresión aumentados entre diferentes grados de restricción dietética durante un período de 96 horas. Este estudio sugiere un papel potencial para el sNPF en la regulación de las actividades digestivas y la inmunidad a través de interacciones con la microbiota intestinal. En conclusión, estos hallazgos contribuyen significativamente a nuestra comprensión de los cambios dinámicos en la microbiota intestinal y el sNPF, destacando su interacción en respuesta a la restricción dietética.