En el contexto global de la pérdida de biodiversidad y servicios ecosistémicos, la integración de la agricultura con la restauración ecológica es crucial. Este estudio presenta por primera vez el índice de valor de biodiversidad (Bv) como una herramienta para la toma de decisiones y la obtención de financiación para futuros proyectos de restauración. El índice Bv se utilizó para evaluar los valores de biodiversidad tanto en hábitats naturales restaurados como en áreas agrícolas en la laguna salina de El Hito, una reserva natural ubicada dentro de un paisaje agrícola en el centro de España. Además, estimamos las ganancias de biodiversidad a partir de transiciones de hábitat y exploramos la relación entre biodiversidad, pH del suelo y salinidad. Las prácticas agrícolas sostenibles, combinadas con métodos de restauración ecológica, pueden llevar a acciones sinérgicas que reduzcan los posibles efectos perjudiciales de la agricultura. Nuestros resultados muestran que la transición de hábitats agrícolas a naturales aumenta consistentemente la biodiversidad. Entre las prácticas agrícolas, los barbechos vegetados multianuales tuvieron los valores de Bv más altos. La restauración condujo a una mejora continua de la biodiversidad, con la excepción de la transición final de pastos permanentes a Elymus 1410, que mostró un ligero descenso en la biodiversidad. También encontramos que una mayor salinidad y pH del suelo estaban asociados con mayores valores de biodiversidad, probablemente debido a prácticas agrícolas históricas que favorecieron áreas con menor salinidad y pH para una mayor productividad. La salinidad y el pH actúan como factores limitantes para la biodiversidad; por lo tanto, se espera que las parcelas agrícolas con menor salinidad y pH, particularmente aquellas adyacentes a hábitats naturales, generen mayores ganancias de biodiversidad si se restauran.