Los lagos y ríos de agua dulce en todo el mundo se están volviendo cada vez más alcalinos, lo que presenta un desafío creciente para la salud de los peces y la acuicultura. Este estudio investigó cómo el agua altamente alcalina afecta a la perca europea, una especie importante para la alimentación y los ecosistemas saludables. Nuestro objetivo fue comprender la secuencia de cambios fisiológicos y moleculares asociados al tiempo que ocurren en el cuerpo del pez durante el estrés alcalino agudo. Nuestros resultados mostraron que el agua alcalina primero induce una alteración estructural temprana en las branquias, el órgano que los peces utilizan para respirar y equilibrar sus sales internas. Esta alteración inicial es seguida por una disfunción progresiva en el hígado, acompañada de un desequilibrio oxidativo y una disrupción metabólica. También identificamos varios genes relacionados con el estrés que muestran fuertes respuestas transcripcionales. Esta investigación proporciona una visión general de las respuestas al estrés específicas de los órganos bajo exposición alcalina. Para la sociedad, estos hallazgos destacan posibles candidatos genéticos que pueden apoyar futuros programas de cría destinados a mejorar la tolerancia alcalina en especies de acuicultura.