El valor nutricional de la fruta, el crecimiento de las plantas y el rendimiento pueden verse comprometidos por la deficiencia de la biodisponibilidad de cobre (Cu), que a menudo aparece en tierras cultivables. Esta condición causa un bajo contenido de Cu y modificaciones en los procesos asociados a la maduración en el fruto del tomate. Esta investigación estudia los cambios transcriptómicos que ocurren en el fruto de tomate rojo maduro cultivado en condiciones subóptimas de Cu para arrojar luz sobre los mecanismos moleculares subyacentes a este estrés. El análisis comparativo de secuenciación de ARN y los análisis funcionales revelaron que la deficiencia de Cu durante el cultivo activa señales para el transporte de iones metálicos, la homeostasis redox celular, la unión de fosfato de piridoxal y el metabolismo de aminoácidos, mientras que reprime la respuesta a la falta de fosfato en los frutos cosechados. Los análisis transcriptómicos destacaron una serie de nuevos genes sensibles al estrés por Cu de función desconocida e indicaron que la regulación de la homeostasis de Cu en el fruto del tomate puede involucrar componentes adicionales a los descritos en plantas modelo. También se estudió la regulación de transportadores de Cu de alta afinidad y una serie de genes bien conocidos sensibles al estrés por Cu durante la maduración del fruto del tomate, dependiendo de la disponibilidad de Cu, lo que permitió identificar candidatos potenciales para mejoras biotecnológicas en los tejidos reproductivos. Proporcionamos el primer estudio que caracteriza las respuestas moleculares de los frutos al estrés por deficiencia de Cu para cualquier cultivo de fruta.