La soja es una de las legumbres más cruciales del mundo. Aunque el Mn (manganeso) es un elemento nutritivo importante que ayuda al crecimiento y la salud de las plantas, el exceso de Mn es perjudicial para los cultivos. Sin embargo, el efecto de la toxicidad del Mn en el metabolismo de las raíces y hojas de la soja aún no está claro. Para explorar esto, se realizaron experimentos en cultivo de agua sobre el desarrollo, la actividad enzimática y el proceso metabólico de la soja bajo diferentes niveles de tratamiento con Mn (5 y 100 M). En comparación con el control, las sojas bajo estrés de Mn mostraron un crecimiento y desarrollo inhibidos. Además, la actividad de la superóxido dismutasa (SOD), catalasa (CAT), peroxidasa (POD), ascorbato peroxidasa (APX) y el contenido de proteínas solubles en hojas y raíces de soja aumentaron. Sin embargo, los contenidos de azúcar soluble y prolina en las raíces y hojas de soja mostraron la tendencia opuesta. Además, los contenidos de iones de Mg (magnesio) y Fe (hierro) en las hojas de soja disminuyeron significativamente, y el contenido de iones de Mn aumentó considerablemente. En las raíces, el contenido de iones de Mn y Fe aumentó, mientras que el contenido de iones de Mg disminuyó. Además, el análisis metabolómico basado en cromatografía líquida de masas no dirigida identificó 136 y 164 metabolitos diferenciales (DMs) que respondieron a la toxicidad del Mn en las raíces y hojas de soja, respectivamente. Estos DMs podrían participar en cinco diferentes vías metabólicas primarias en las hojas y raíces de soja, lo que sugiere que las hojas y raíces de soja demuestran diferentes tipos de reacciones en respuesta a la toxicidad del Mn. Estos hallazgos indican que la toxicidad del Mn resultará en cambios en la actividad enzimática y en la afectación grave de la vía metabólica, inhibiendo así el desarrollo de la soja.