El presente estudio se centró en los árboles de ciruela autóctona de Toscana cv. Coscia di Monaca con el fin de evaluar la presencia de virus y elucidar las respuestas fisiológicas y bioquímicas a las infecciones virales en condiciones reales de campo. Entre los varios virus investigados, las ciruelas dieron positivo solo al virus de la viruela de la ciruela (PPV) y al virus asociado a la necrosis del tejido de la corteza de la ciruela (PBNSPaV), que se presentaron tanto como infecciones singulares como co-infecciones. Este es el primer informe de PBNSPaV en un huerto de Toscana. Además, el presente estudio no solo confirmó los efectos perjudiciales de PPV sobre la tasa de asimilación de dióxido de carbono debido a limitaciones estomáticas y deterioros en el mesófilo, sino que también mostró que, aunque PBNSPaV no inducía tales deterioros fotosintéticos cuando ocurría como infección singular, aumentaba este efecto dañino cuando estaba presente como co-infección con PPV, como lo confirma una disminución severa en el contenido de clorofila. También se informaron respuestas específicas a la infección en términos de pigmentos accesorios (es decir, carotenoides y xantofilas), así como azúcares y ácidos orgánicos, que probablemente están relacionados con mecanismos fotoprotectores y regulaciones osmóticas bajo estrés oxidativo inducido por virus. En general, los resultados aquí presentados representan un paso importante para llenar vacíos de conocimiento sobre la interacción de los virus de plantas y los cultivares autóctonos.