Aunque los cultivos de cobertura invernal (WCCs) han demostrado efectos positivos en las propiedades del suelo, se sabe relativamente poco sobre las respuestas de los microbiomas del suelo y las plantas a la introducción de WCCs y su gestión asociada. Nuestro objetivo fue evaluar los efectos de los métodos de supresión de WCC en el microbioma de la rizosfera de avena en condiciones de campo. El suelo rizosférico se extrajo para cuantificar las abundancias de genes de bacterias y arqueas oxidantes de amonio, genes de nitrito reductasa ( y ), y para determinar la actividad de nitrificación potencial. Las regiones V4 del ARNr 16S bacteriano y las regiones ITS fúngicas fueron secuenciadas con el sistema Illumina MiSeq. En general, nuestros resultados indicaron que la composición de las comunidades bacterianas y fúngicas de la rizosfera fue sensible a los métodos de supresión de WCC. Algunos géneros bacterianos, incluidos antagonistas fúngicos y degradadores de quitina, y dos hongos asociados con patógenos potenciales de plantas, fueron favorecidos por ambos métodos de supresión, aunque ambos métodos afectaron negativamente a otros géneros asociados con características de promoción del crecimiento de plantas. Nuestro trabajo contribuye a una comprensión más completa de las interacciones entre las prácticas de gestión de WCC, las propiedades del suelo y las comunidades microbianas en la rizosfera, lo cual es esencial para elegir estrategias de gestión que mantengan la salud del suelo y promuevan la sostenibilidad ambiental.