Para explorar los impactos de múltiples estresores ambientales en comunidades animales en ecosistemas acuáticos, seleccionamos protozoos, un grupo de organismos altamente sensibles, para evaluar el efecto del cambio ambiental. Para llevar a cabo esta simulación, realizamos un experimento de mesocosmos al aire libre de tres factores desde marzo hasta noviembre de 2021. Se investigaron los cambios en la estructura de la comunidad y la composición de grupos funcionales de las comunidades de protozoos bajo los efectos separados y combinados de estos tres estresores ambientales mediante el calentamiento y la adición de nitrógeno, fósforo y pesticidas. Los resultados fueron los siguientes: (1) Tanto la eutrofización como los pesticidas tuvieron un efecto promocional considerable sobre la abundancia y la biomasa de los protozoos; el efecto del calentamiento no fue considerable. Cuando el calentamiento se combinó con la eutrofización y los pesticidas, hubo un efecto sinérgico y un efecto antagónico, respectivamente. (2) La eutrofización promovió la diversidad alfa de los protozoos y afectó su riqueza de especies y la composición de especies dominantes; la combinación de calentamiento y pesticidas redujo notablemente la diversidad alfa de los protozoos. (3) El calentamiento, la eutrofización y los pesticidas fueron factores importantes que afectaron los grupos funcionales de los protozoos. La interacción entre diferentes factores ambientales podría complicar los cambios en el entorno ecológico acuático y sus comunidades de protozoos. De hecho, en el contexto del cambio climático, podría ser más difícil predecir las tendencias futuras en la comunidad de protozoos. Por lo tanto, nuestros resultados proporcionan una base científica para la protección y restauración de ecosistemas de lagos poco profundos; también ofrecen valiosas perspectivas para predecir cambios en lagos poco profundos.