Este estudio tuvo como objetivo comprender las respuestas morfofisiológicas y el metabolismo primario de plántulas de tomate sometidas a niveles leves de déficit de nitrógeno y/o agua (50% N y/o 50% W). Después de 16 días de exposición, las plantas cultivadas bajo el déficit combinado mostraron un comportamiento similar al encontrado al exponerse a un déficit de N único. Ambos tratamientos de déficit de N resultaron en un peso seco, área foliar, contenido de clorofila y acumulación de N significativamente más bajos, pero en una mayor eficiencia de uso de N en comparación con las plantas de control (CTR). Además, en lo que respecta al metabolismo de las plantas, a nivel de brote, estos dos tratamientos también respondieron de manera similar, induciendo una mayor relación C/N, actividad de la nitrato reductasa (NR) y de la glutamina sintetasa (GS), expresión de los genes que codifican RuBisCO, así como una regulación a la baja de y transcritos. Curiosamente, las respuestas metabólicas de las plantas a nivel de raíz no siguieron el mismo patrón, con plantas bajo déficit combinado comportándose de manera similar a las plantas con déficit de W, resultando en concentraciones aumentadas de nitratos y prolina, actividad de NR y una regulación al alza de y genes en comparación con las plantas CTR. En general, nuestros datos sugieren que las estrategias de remobilización de N y osmoregulación juegan un papel relevante en la aclimatación de las plantas a estos estreses abióticos y destacan la complejidad de las respuestas de las plantas bajo un déficit combinado de N+W.