Los moluscos de agua dulce desempeñan un papel importante en los ecosistemas acuáticos, proporcionando alimento a numerosas especies de peces y vertebrados. Las investigaciones sobre los factores que determinan la riqueza y distribución de especies de moluscos en los sistemas de humedales son escasas en la región neotropical. El objetivo principal de este estudio fue determinar en qué medida la variación en la riqueza y composición de moluscos se explica por el área, el hidroperiodo, la altitud, la conductividad del agua y la vegetación acuática dominante. Este estudio se realizó en una extensa área de la región neotropical (~280.000 km² en el sur de Brasil), con un gran número de sistemas de humedales (111) y abarcando un amplio gradiente de altitud y superficie de humedales. La riqueza de moluscos se asoció positivamente con la superficie del humedal y negativamente con la altitud. La riqueza y la composición de los moluscos de agua dulce fueron similares entre humedales permanentes e intermitentes, y no difirieron significativamente entre humedales de lecho acuático y emergentes. Los tres primeros ejes del CCA explicaron el 16,2% de la variación total observada en la composición de los moluscos de agua dulce. Esta variación se correlacionó con la superficie del humedal, la altitud y la conductividad hídrica. Nuestros resultados mostraron que los humedales son hábitats importantes para los moluscos en el sur de Brasil, y que la riqueza y la composición de los moluscos se asociaron con la superficie, la altitud, la conductividad hídrica y la vegetación dominante.