La intensificación agrícola se ha asociado con la disminución de la biodiversidad, la fragmentación del hábitat y la pérdida de un número de organismos. Dada la prevalencia de este proceso, existe la necesidad de estudios que aclaren los efectos de los cambios en las prácticas agrícolas sobre las comunidades biológicas locales; por ejemplo, la transformación de la agricultura tradicional de secano en agricultura intensivamente irrigada. Nos centramos en los anfibios que se reproducen en estanques como organismos modelo para evaluar los efectos ecológicos de la intensificación agrícola porque son sensibles a los cambios en la calidad del hábitat tanto a escalas locales como paisajísticas. Aplicamos un enfoque de metacomunidad para caracterizar las comunidades de anfibios que se reproducen en una red de estanques incrustada en una matriz de hábitat terrestre que fue parcialmente convertida de cultivos de secano a agricultura intensiva irrigada en la década de 1990. Específicamente, comparamos la diversidad alfa y beta, la ocupación y abundancia de especies, y la estructura de metacomunidad entre áreas irrigadas y de secano. Encontramos fuertes diferencias en los patrones de ocurrencia de especies, la estructura de la comunidad y la diversidad beta por pares entre los grupos de manejo agrícola, con una estructura de comunidad marcada en los estanques de secano asociada a características locales y la presencia de algunas especies raras que estaban casi ausentes en el área irrigada, que se caracterizaba por una estructura de comunidad aleatoria. La cobertura de vegetación natural a escala paisajística, significativamente más baja en el área irrigada, fue un predictor importante de las ocurrencias de especies. Nuestros resultados sugieren que mantener tanto la heterogeneidad local como la paisajística es clave para preservar comunidades de anfibios diversas en paisajes agrícolas mediterráneos.