Para investigar la diversidad y estructura de las comunidades bacterianas y fúngicas del suelo en suelos salinos, se recolectaron muestras de suelo con tres niveles de salinidad creciente (S1, S2 y S3) de un campo de maíz en Yanqi, provincia de Xinjiang, China. Los resultados mostraron que los valores de K, Na, Ca y Mg en el suelo en general eran más altos que en el suelo de la rizosfera, con diferencias significativas en S2 y S3 (< 0.05). Las actividades enzimáticas de la fosfatasa alcalina (ALP), invertasa, ureasa y catalasa (CAT) fueron más bajas en el suelo en general que en la rizosfera. El análisis de coordenadas principales (PCoA) demostró que la estructura de la comunidad microbiana del suelo exhibió diferencias significativas entre los diferentes suelos salinizados (< 0.001). Los datos implicaron que los hongos eran más susceptibles al estrés por salinidad que las bacterias, según los índices de Shannon y Chao1. Las pruebas de Mantel identificaron Ca, fósforo disponible (AP), conductividad eléctrica saturada (EC) y potasio disponible (AK) como los factores ambientales dominantes correlacionados con las estructuras de la comunidad bacteriana (< 0.001); y AP, ureasa, Ca y EC como los factores dominantes correlacionados con las estructuras de la comunidad fúngica (< 0.001). Las abundancias relativas de Firmicutes y Bacteroidetes mostraron correlaciones positivas con el gradiente de salinidad. Nuestros hallazgos sobre las bacterias que tienen correlaciones positivas con el nivel de salinización podrían ser un indicador biológico útil de microorganismos en suelos salinos.