La salud de las branquias se ha convertido en un desafío global significativo para la acuicultura del salmón atlántico, particularmente durante la fase marina de la crianza. La creciente prevalencia de patologías branquiales se ha relacionado con el aumento de las temperaturas del agua de mar, subrayando la necesidad de evaluar las herramientas existentes para el monitoreo de la salud branquial y desarrollar enfoques novedosos para la detección temprana. En este estudio, investigamos las respuestas branquiales del salmón atlántico criado comercialmente a la infección natural durante un brote de enfermedad branquial amebiana (EBA) en Tasmania. Nuestro enfoque abarcó las etapas de baja prevalencia de EBA, alta prevalencia de EBA y post-tratamiento en agua dulce del brote. Las evaluaciones del tejido branquial incluyeron valoraciones de la puntuación bruta de EBA, puntuación histopatológica, abundancia de (medida por expresión génica) y niveles de expresión de transcritos relacionados con la inflamación. Demostramos una fuerte correlación entre diferentes medidas de patología branquial relacionada con EBA y diferencias significativas entre las distintas etapas del brote. Después del tratamiento, los peces mostraron una variabilidad considerable en sus respuestas al baño de agua dulce, destacando la necesidad de estrategias de manejo personalizadas que consideren factores genéticos, ambientales y de estado de salud. Los patrones de expresión de angiogenina-1 y proteína relacionada con el factor de necrosis tumoral C1q similar enfatizan su potencial como biomarcadores para la detección temprana de daños en las branquias en la acuicultura del salmón en todo el mundo.