El cultivo de aguacate es relevante por su importancia económica y por su historia evolutiva única. Sin embargo, hay una falta de información sobre los procesos moleculares durante la respuesta de defensa contra patógenos fúngicos. Por lo tanto, utilizando un enfoque de genoma completo en este trabajo, investigamos la respuesta transcripcional de la raza hortícola mexicana de aguacate (var.), incluyendo el perfil de miARNs y sus posibles objetivos. Para ello, establecimos un patosistema hidropónico de aguacate y estudiamos la respuesta durante 21 días. Para garantizar la robustez en el análisis, primero mejoramos el ensamblaje del genoma de aguacate disponible para esta variedad, resultando en 822.49 Mbp de longitud con 36,200 modelos de genes. Luego, utilizando un enfoque de RNA-seq, identificamos 13,778 genes expresados diferencialmente en respuesta a la infección. De acuerdo con su perfil de expresión a lo largo del tiempo, estos genes pueden agruparse en seis grupos, cada uno asociado con procesos biológicos específicos. En cuanto a los ARN no codificantes, 8 de los 57 miARNs maduros identificados en el genoma de aguacate son sensibles a la infección causada por, y el análisis reveló un total de 569 genes objetivo cuyos transcritos podrían ser regulados post-transcripcionalmente. Este estudio representa la primera investigación en aguacates que explora de manera integral el papel de los miARNs en la orquestación de las respuestas de defensa contra spp. Además, este trabajo proporciona datos valiosos sobre los genes involucrados en la intrincada respuesta del aguacate durante la infección fúngica.