La carpa herbívora y el barbo chub, ambos especies de la subfamilia Leuciscinae, demuestran diferencias en la resistencia a la infección por el virus de la carpa herbívora (GCRV). Infectamos a los barbos chub con GCRV tipo II y sometimos sus muestras de hígado, bazo, riñón cefálico y riñón troncal para investigar los mecanismos inmunitarios anti-GCRV a través de secuenciación de ARN y reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR). Identificamos 139, 970, 867 y 2374 genes expresados diferencialmente (DEGs) en el hígado, bazo, riñón cefálico y riñón troncal, respectivamente. En los cuatro tejidos, el análisis de ontología genética reveló una enriquecimiento significativo de DEGs relacionados con la respuesta inmune, y el análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto reveló un enriquecimiento de vías relacionadas con receptores de reconocimiento de patrones (PRR) y citoquinas. Notamos un enriquecimiento de la vía de autofagia en el bazo, riñón cefálico y riñón troncal; un enriquecimiento de la vía de apoptosis en el bazo y riñón troncal; y un enriquecimiento de las vías de complemento y cascada de coagulación solo en el bazo. El análisis comparativo del transcriptoma entre los barbos chub infectados por GCRV y los barbos chub no infectados reveló de manera integral que las vías de PRR, relacionadas con citoquinas, de complemento y cascada de coagulación, apoptosis y autofagia son factores clave potenciales que influyen en la resistencia del barbo chub a la infección por GCRV. La validación por qRT-PCR de 11 DEGs relacionados con la inmunidad confirmó la precisión de nuestros datos de RNA-seq. Estos hallazgos proporcionan una base teórica y evidencia empírica para la comprensión de la resistencia a la infección por GCRV en el barbo chub y la cría híbrida de carpa herbívora-barbo chub.