A lo largo de los años, la sustitución de cromosomas alienígenas ha atraído la atención de genetistas y criadores como una rica fuente de notable diversidad genética para la mejora de cultivares de trigo adaptados de manera estrecha. Uno de los problemas encontrados en este camino es la coadaptación y realización del genoma del trigo común en el contexto de los genes introducidos. Aquí, utilizando RNA-Seq, evaluamos la respuesta del transcriptoma del trigo hexaploide L. (cultivar Chinese Spring) a una sustitución del cromosoma 5B con su homólogo del emmer silvestre (trigo tetraploide Koern) y discutimos cuán completa es la compensación fisiológica por esta introgresión de cromatina alienígena. La principal firma del transcriptoma en la línea sustituida fue una caída significativa aguda de la actividad antes del inicio del fotoperiodo, con un aumento gradual hasta la sobreexpresión en la mitad de la noche. La expresión diferencial alteró casi todos los procesos biológicos y vías probadas. Debido a que en la mayoría de los casos, la expresión diferencial o su cambio de pliegue fueron modestos, y esto fue solo una pequeña proporción del transcriptoma expresado, la compensación fisiológica de la sustitución del cromosoma 5B en el trigo común parecía en general satisfactoria, aunque no completamente. No se encontró sobre- o sub-representación de la expresión diferencial de genes en cromosomas específicos, lo que implica que los cambios estructurales locales en el genoma pueden desencadenar una respuesta global del transcriptoma.