La fertilización es una práctica agrícola mundial utilizada en agronomía para aumentar los rendimientos de los cultivos. La aplicación de fertilizantes influye en las características generales del suelo, incluida la composición de la comunidad microbiana del suelo y los procesos metabólicos mediados por la actividad enzimática microbiana. Los cambios en la estructura de las comunidades microbianas y su actividad metabólica después de la fertilización a largo plazo fueron estudiados en esta investigación. Hipotetizamos que los diferentes tipos de regímenes de fertilización afectan los niveles de nutrientes en el suelo que posteriormente influyen en los procesos metabólicos y en la diversidad y estructura de la comunidad microbiana. Estiércol (MF; 330 kg N/ha), lodos de depuradora en dos dosis de aplicación (SF; 330 kg N/ha y SF3x; 990 kg N/ha) y fertilizantes químicos (NPK; nutrientes N-P-K en concentraciones de 330-90-300 kg/ha) se han aplicado regularmente en un campo experimental desde 1996. La diversidad microbiana aumentó en todos los suelos enmendados con fertilizantes orgánicos (MF, SF, SF3x) y químicos (NPK). Se observaron cambios en las comunidades microbianas, que fueron causados principalmente por géneros menos abundantes que estaban mayormente asociados con uno o más tratamientos de fertilización. La fertilización también influyó en la química del suelo y en la actividad de la beta-xilosidasa, la beta-N-acetilglucosaminidasa (NAG), la fosfatasa ácida y las FDA-hidrolasas. Específicamente, todos los tratamientos de fertilización estuvieron asociados con una mayor actividad de la beta-xilosidasa y una menor actividad de NAG. Solo el tratamiento con NPK estuvo asociado con una mayor actividad de fosfatasa ácida.