La vegetación de los bosques ribereños en el desierto del bajo río Tarim a menudo enfrenta una deficiencia de agua y nitrógeno. Para investigar los efectos ecológicos del estrés por sequía y la limitación de nitrógeno de los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) en plántulas en la etapa vulnerable de crecimiento, se realizó un experimento de control con plántulas en macetas en interiores. Los principales hallazgos son los siguientes: el estrés por sequía inhibió el crecimiento y desarrollo normal de las plántulas. Cuando las plántulas fueron inoculadas con HMA y en el nivel de adición de nitrógeno N1 (50 mmol·L), la tasa de infección micorrízica de las plántulas fue la mejor: 84.44% bajo contenido de humedad suficiente y 77.78% bajo estrés por sequía. Bajo el mismo tratamiento de nitrógeno, la tasa de crecimiento relativa de la altura de las plántulas y el diámetro de la base, la biomasa de la planta, los indicadores del sistema radicular (longitud total de raíces, área superficial de raíces, volumen de raíces, diámetro medio de raíces, número de puntas y relación raíz/parte aérea), el contenido de clorofila (excepto por el contenido de clorofila a/b en el nivel de adición de nitrógeno N0 (0 mmol·L)), el contenido total de nitrógeno, el ácido indolacético (IAA) y el contenido de ácido giberélico (GA) disminuyeron inicialmente, luego aumentaron y finalmente disminuyeron nuevamente. Cada uno de estos indicadores aumentó significativamente después de ser inoculados con HMA, y alcanzaron su valor máximo bajo el tratamiento de humedad normal y HMA; sin embargo, la longitud específica de la raíz (excepto en el nivel de adición de nitrógeno N0 (0 mmol·L)), la fluorescencia mínima, la actividad de la enzima antioxidante, los contenidos de sustancias de regulación osmótica, el ácido abscísico (ABA) y los contenidos de estrigolactonas (SLs) aumentaron inicialmente, luego disminuyeron y finalmente aumentaron nuevamente, alcanzando su valor máximo bajo estrés por sequía y tratamiento con HMA. Bajo los mismos tratamientos CK (control negro), D (estrés por sequía), CK + A (inoculado con HMA bajo control negro) y D + A (inoculado con HMA bajo estrés por sequía), todos los indicadores anteriores, excepto la longitud específica de la raíz, el contenido de clorofila a/b, la fluorescencia mínima, la fluorescencia máxima y el contenido de malondialdehído (MDA) aumentaron inicialmente y luego disminuyeron con el aumento de la tasa de adición de nitrógeno, alcanzando el valor máximo en el nivel de adición de nitrógeno N1 (50 mmol·L). Por lo tanto, en la región árida y deficiente en nitrógeno del bajo río Tarim, las plántulas establecieron una estructura simbiótica eficiente con HMA, lo que mejoró la resistencia a la sequía de las plántulas y promovió el rápido paso de las plántulas a través del período de vulnerabilidad de crecimiento. Esto indica que la inoculación con HMA es un vínculo clave en la estrategia de supervivencia.