Esta investigación evaluó el efecto de las inundaciones sobre la estructura de la comunidad microfitobentos en un tapete microbiano de un salar tropical. Se recolectaron muestras de campo durante cuatro días consecutivos: los tres primeros días, el salar estuvo seco y el cuarto día, inundado por la lluvia. Para evaluar la comunidad mantenida en condiciones de inundación, se recolectaron muestras de esta área y se mantuvieron en el laboratorio durante 10 días con agua de mar. Los resultados de la abundancia total de microfitobentos variaron de 4,2 × 10⁻¹ a 2,9 × 10⁻¹ organismos L–1. La densidad total aumentó un orden de magnitud bajo el efecto del agua, tanto en las condiciones de precipitación en el salar como en las condiciones experimentales, debido a la alta abundancia de Microcoleus spp. El índice de Shannon (H’) fue mayor durante el período de desecación. Nuestros datos sugieren que los cambios en la abundancia de organismos se debieron al efecto del agua. El predominio de los taxones más abundantes se mantuvo igual en condiciones de desecación e influencia del agua, y probablemente existe un consorcio de microorganismos en la estera microbiana que ayuda a mantener estos predominios.