Las consecuencias fisiológicas de la activación del sistema inmunológico en el músculo esquelético en los peces no se comprenden completamente. Para estudiar las consecuencias de la activación del sistema inmunológico por patógenos bacterianos en la función del músculo esquelético, administramos lipopolisacárido (LPS), un componente activo de las bacterias Gram-negativas, en truchas arcoíris y realizamos análisis transcriptómicos y proteómicos en el músculo esquelético. Examinamos los cambios en la expresión génica en el músculo esquelético rápido y lento en truchas arcoíris a las 24 y 72 horas después del tratamiento con LPS (8 mg/kg) mediante análisis de microarreglos. A nivel transcripcional, observamos cambios importantes en los genes metabólicos, mitocondriales y estructurales en el músculo esquelético rápido y lento. En el músculo esquelético lento, el LPS causó cambios marcados en la expresión de genes relacionados con la fosforilación oxidativa, mientras que en el músculo esquelético rápido, la administración de LPS causó cambios importantes en la expresión de genes que codifican enzimas glucolíticas. También evaluamos los efectos de la administración de LPS en el proteoma del músculo esquelético rápido e identificamos 14 proteínas que fueron inducidas diferencialmente en las truchas tratadas con LPS, correspondiendo principalmente a enzimas glucolíticas. Nuestros resultados evidencian una respuesta robusta y específica del tejido del músculo esquelético a un desafío inflamatorio agudo, afectando la utilización de energía y posiblemente el crecimiento en truchas arcoíris.