El uso de cultivares resistentes y fungicidas son métodos comunes para controlar la roya de la hoja del café (CLR), la principal enfermedad que afecta el cultivo de café Arábica. En este estudio, evaluamos la respuesta de plantas injertadas y no injertadas durante la etapa temprana de la infección. Utilizamos plantas no injertadas de Oro Azteca (cultivar resistente) y Garnica (cultivar susceptible), y plantas injertadas, combinando ambos como patrón y injerto (Garnica/Oro Azteca y Oro Azteca/Garnica). Todas las plantas fueron inoculadas con uredosporas, y cuantificamos el desarrollo de estructuras fúngicas en el tejido foliar de las plantas inoculadas utilizando qRT-PCR para medir la expresión relativa de dos genes de reconocimiento de patogénesis ( y ) y tres genes asociados con la vía del ácido salicílico (AS) (, y ). En Garnica injertada en Oro Azteca, las estructuras fúngicas registradas fueron significativamente menores que en las plantas no injertadas de Garnica. Además, la expresión de genes relacionados con la defensa en las plantas injertadas fue mayor que en las plantas no injertadas. Nuestros resultados indican que la respuesta de defensa a la CLR está fuertemente influenciada por el patrón empleado.