El papel pro-oxidante del mercurio (Hg) en los sistemas biológicos y su ciclo biogeoquímico representan una amenaza seria debido a su persistencia en el medio marino. Dado que el genoma mitocondrial está expuesto a especies reactivas de oxígeno (ROS), el objetivo del presente estudio es validar la variación en el número de copias de ADN mitocondrial (mtDNAcn) como biomarcador de estrés oxidativo en el entorno acuático. Durante el verano de 2021, se recolectaron tres especies de peces seleccionadas en la Bahía de Augusta, una de las áreas mediterráneas más contaminadas, notable por las entradas pasadas de Hg, y en un área de control, ambas en el sureste de Sicilia. El mtDNAcn relativo se evaluó mediante qPCR en especímenes de cada especie de ambos sitios, caracterizados respectivamente por una mayor y menor bioacumulación de Hg. Las especies recolectadas en Augusta mostraron una drástica reducción del mtDNAcn en comparación con sus grupos de control, mientras que otra especie mostró un increíble aumento del mtDNAcn, sugiriendo una mayor resiliencia de esta especie. Estos resultados se alinean con la dinámica mitocondrial de fisión y fusión desencadenada por contaminantes ambientales. En conclusión, sugerimos la implementación de la variación del mtDNAcn como una herramienta válida para la alerta temprana de los impactos relacionados con el estrés en el sistema acuático.